Significa comandante de um barco. A palavra deriva do magister navis da Roma antiga. No Brasil a palavra mestre e capitão já significaram a mesma coisa. Porém, com o tempo, mestre ficou sendo o capitão de navios da pequena cabotagem e a palavra capitão para os que comandavam navios de longo curso.
Fonte: http://www.wservices.srv.br/UserFiles/File/Murta/Glossarios/glossariotermosnautico.pdf